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醫藥凈化工程作為臨床醫療和藥物存放的一個基礎工程項目，相關部門對它有很嚴格的要求，這會關系到人們的用藥安全和身體健康，一般醫藥凈化工程會有四大分區。

按照要求的高低，可以分成ABCD四個分區，其中A分區的要求較高。一般把A區定義為高危操作區，在A區里，從事的是藥品的配置，藥品的生產和罐裝，這類區域的要求是沒有灰塵和無細菌，反過來講，在藥品制作的過程中，也是比較容易受到污染的區域，要保證空氣可以低速的進行流通，且要無菌。

B區域的定義為隔離區域。是A級區無菌無菌的一個保障，且是A區和外界溝通的一個區域，對于B區的要求同樣也是要保持無菌的狀態，B區的污染物會很容易傳播到A區。A和B區需要達到萬位級以下的高標準區域，是醫療凈化工程中的重點區域，驗收的要求也比較高，并要多方進行驗收后方能使用。

C級區域和D級區相對要求較低，這些區域主要從事的是藥物的選材，藥物使用環節前的封裝和分類，這兩個區域中要保持對應的環境溫度和濕度的要求，但是對于細菌的要求相對較低，在醫療凈化工程中，這兩個區域屬于次重點的區域。